Réaliser un échantillonnage de la biodiversité par quadrat ou par transect

L'objectif est de réaliser un échantillonnage lors d'une sortie scolaire.

Protocole :

• Placer le quadrat au sol.
• Relever toutes les espèces présentes dans chacun des carrés du quadrat.

Le barcoding moléculaire consiste à identifier une espèce en comparant une courte séquence de son ADN à toutes les séquences connues d'ADN rassemblées dans une banque de données, comme si l'on « scannait » son code-barres génétique. En comparant toutes les séquences d'ADN retrouvées dans un échantillon d'eau ou de sol à cette banque de données, les chercheurs peuvent identifier les espèces qui se trouvent dans cet échantillon : c'est le metabarcoding. Ces méthodes sont cependant coûteuses et ne peuvent pas remplacer complètement les reconnaissances sur le terrain.
De 2009 à 2013, les équipes de recherche à bord du Tara ont réalisé une étude approfondie par metabarcoding de la diversité des microorganismes marins. La carte ci-dessous présente l'abondance relative des différents taxons dans trois des lieux étudiés.

Déterminer la biodiversité spécifique dans une station de l'océan Indien

Protocole :

• Aller sur le
  site
  qui permet d'aligner des séquences avec une banque de séquences identifiées.
• Sélectionner « Nucleotide BLAST » (Blast de fragment d'ADN).
• Dans le cadre « Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s) », coller ou recopier votre séquence d'ADN à identifier.
• Cliquer sur « BLAST ».
• Noter le nom du taxon identifié à 100 %.
• Recommencer avec les autres séquences.