Cependant, depuis les années 1970, la PAC est soumise aux enjeux de la cohésion et aux défis de la compétitivité. Plusieurs effets pervers sont apparus, comme les crises de surproduction, les reproches de concurrence déloyale de la part de pays extra-européens (Canada, Brésil, Argentine et Australie), un fort coût environnemental ou encore des tensions
internes. Au tournant du XXIe siècle, la Commission européenne tente progressivement de
modifier ce modèle agricole, en essayant de combiner différents objectifs pouvant paraître opposés : insertion dans la mondialisation, respect de l'environnement, développement rural. Ces difficultés s'incarnent aujourd'hui, par exemple, dans la forte poussée des mouvements écologistes aux dernières élections européennes (Allemagne, France, Belgique, République tchèque, Pays-Bas), ou encore dans l'interdiction de l'utilisation du glyphosate en Autriche.