1. Commencer au brouillon, en dessinant le « tronc », qui conduit à un premier « nœud » ou ancêtre commun.

2. Dessiner une première branche, à gauche par exemple, qui conduit à l'extra-groupe.

3. À partir du premier ancêtre commun, dessiner progressivement des branches et des nœuds pour :

• placer les taxons en haut à l'extrémité des branches ;
• placer progressivement, de gauche à droite, des taxons ayant de plus en plus de caractères dérivés.

4. Une fois l'arbre construit, placer les innovations évolutives. Celles-ci sont représentées par des traits sur les branches (et non pas sur les nœuds !) Il faut les placer en tenant compte des taxons qui les possèdent et du principe de parcimonie : l'arbre phylogénétique le plus vraisemblable est celui qui possède le moins d'innovations évolutives.

5. Recopier ensuite cet arbre au propre, à la règle, en alignant les taxons en haut et en ajoutant un titre.