La théorie est-africaine sera finalement remise en cause dans les années 2000, suite à plusieurs découvertes, dont deux en particulier. En 1995, une mandibule attribuée à un australopithèque nommé
A. bahrelghazali, ou Abel, datée de 3,5 millions d'années, est découverte par l'équipe de Michel Brunet au Tchad à plus de 2 000 km à l'ouest du rift est-africain.
Puis, en 2001, un crâne de primate bipède daté de 7 millions d'années, nommé
Sahelanthropus tchadensis, ou Toumaï, est également découvert au Tchad.