Pour présenter les espèces chimiques mises en jeu lors des transformations chimiques, on utilise les équations de réaction.
En ce qui concerne la combustion du méthane, l'équation de réaction chimique s'écrit :
\mathrm{CH}_4+2 \mathrm{O}_2 \rightarrow 2 \mathrm{H}_2 \mathrm{O}+\mathrm{CO}_2
L'équation de réaction chimique indique les proportions entre espèces chimiques et montre que les atomes se conservent. Les atomes, initialement présents dans les réactifs, sont tous présents à la fin et redistribués pour former les produits.