T : souris sans microbiote ; Mi : souris avec microbiote de personne mince ; Ob : souris avec microbiote de personne obèse.

Chaque colonne correspond à l'une des six souris étudiées. Les couleurs indiquent des proportions caractéristiques du microbiote Mi ou Ob.

La bactérie Clostridium difficile est responsable de colites entraînant des douleurs abdominales et des diarrhées qui peuvent être mortelles dans 5 % des cas. Près d'un demi-million de cas ont été diagnostiqués en 2017 aux États-Unis. Cette infection survient généralement après un traitement antibiotique, surtout en milieu hospitalier, ou chez des personnes qui ont un système immunitaire affaibli. 4 % de la population sont des porteurs sains de la bactérie, c'est-à-dire qu'ils présentent la bactérie sans symptômes associés.

L'infection des souris est mesurée par le nombre de bactéries présentes dans leurs excréments. Les souris ont subi deux traitements antibiotiques par la vancomycine (van) puis une transplantation de microbiote intestinal de souris saines.

Modéliser le rôle du microbiote intestinal dans la protection de l'organisme.

Protocole :

• Ouvrir la modélisation du microbiote :
  https://www.pedagogie.ac-nice.fr/svt/productions/edumodeles/algo/index.htm?modele=microbiote2bact
• Cliquer sur chaque règle en bas à droite.
• Noter ce que modélise chaque règle (ex. : les nutriments arrivent régulièrement dans le tube digestif).
• Lancer l'animation de la modélisation.
• Noter les résultats de cette manipulation témoin.
• Réinitialiser l'animation (flèche circulaire à gauche de l'écran).
• Modifier les règles en lien avec votre hypothèse (par exemple, on peut réduire le nombre initial de bactéries non pathogènes, ou réduire l'activité des cellules phagocytaires).
• Lancer l'animation de la modélisation.
• Noter les résultats et conclure.
• Reproduire ces modélisations autant de fois que nécessaire pour tester l'ensemble des hypothèses formulées.
• Identifier les éléments pertinents et les limites du modèle utilisé.

Des souris présentant des symptômes similaires à la maladie de Crohn reçoivent ou non une administration de bactéries intestinales présentes chez des personnes saines et absentes chez les patients atteints de la maladie de Crohn.

Axénique : organisme né et élevé dans un environnement stérile, sans microorganismes.

Maladie de Crohn : inflammation de l'intestin et du côlon, due à une forte activité du système immunitaire, qui entraîne des diarrhées et des douleurs abdominales.