Le dipeptide s'écrit du groupe amine terminal (à gauche) vers le groupe carboxyle terminal (à droite) :
Le dipeptide Gly
−Ala correspond à la formation d'une liaison peptidique entre la fonction carboxyle de la glycine et la fonction amine de l'alanine :
Mais il est aussi possible, à partir de l'alanine et de la glycine, de produire d'autres dipeptides.
Ala
−Gly et Gly
−Ala sont deux dipeptides différents :