Par son titre même, le Traité théologico-politique pose la question du trait d'union entre la théologie et la politique, c'est-à-dire entre la religion et l'État. C'est dans la Lettre 30 à Oldenburg que Spinoza donne les trois raisons qui l'ont amené à problématiser dans ce traité le rapport entre théologie et politique.

Tout d'abord, il s'agit de réfuter les préjugés des théologiens, ces hommes d'Église qui exigent la seule croyance, une foi dogmatique, incompatible avec une liberté de penser dont la raison examinerait les dogmes. Cela tend alors naturellement à la superstition, puisque les hommes renoncent à savoir pour croire, et cette superstition est en outre l'instrument politique du Prince pour maintenir les hommes sous son joug. Puis, il s'agit pour l'auteur de contrer l'accusation d'athéisme. Or, le Traité théologico-politique est certes le dernier livre publié par Spinoza de son vivant, mais il le fut sous le couvert de l'anonymat en 1670. Un an plus tard, il était censuré et fut lu clandestinement dans toute l'Europe. Enfin, l'auteur entend défendre la « liberté de philosopher » au sens large d'une liberté de penser contre les autorités théologique et politique.

La liberté est-elle compatible avec la théologie et la politique ? Et sous quel mode faut-il penser cette compatibilité ? Faut‑il subordonner ou séparer la philosophie de la théologie et de la politique ? L'État doit‑il être laïque ?

Spinoza démontre ici que la « liberté de philosopher non seulement peut être accordée sans dommage pour la piété et la paix de la république, mais aussi qu'on ne peut l'ôter sans ôter en même temps la paix de la république et de la piété ». Cette thèse est radicale et originale, parce que l'auteur affirme les droits de la liberté, à l'occasion d'une réflexion sur le problème du rapport entre théologie et politique. En réalité, il s'oppose à la tradition selon laquelle la liberté de penser, en particulier des philosophes, porte atteinte à la piété et à la paix, donc à la religion et à l'État. Cette thèse spinoziste opère un renversement : non seulement, ce n'est pas la liberté qui met en péril la théologie et la politique, mais surtout elle est bien plutôt la condition nécessaire pour qu'il y ait piété et paix. Il ne faut donc pas subordonner la liberté de penser à l'autorité des dogmes ou à l'autorité d'un Prince, sous quelque prétexte que ce soit, mais il faut, en la séparant, lui assurer un domaine propre. Par ailleurs, la politique n'a pas à se soucier des écritures au nom du principe de séparation entre la raison et la foi.

En ouvrant son livre sur la superstition, on pourrait penser que Spinoza prend un parti très critique à l'égard de la religion. Cependant, il convient d'emblée de préciser que pour celui‑ci, toute religion n'est pas superstitieuse. Mais l'humanité est telle qu'elle est naturellement « encline à la plus extrême crédulité ». Et même, l'auteur ne blâme pas tant la superstition qu'il ne cherche à en comprendre l'origine, c'est‑à‑dire dans la logique spinoziste, sa cause.

Or, il y a un faisceau de causes qui concourent à l'apparition de la superstition. En tout premier lieu, lorsqu'ils jugent en particulier du futur, les hommes restent incertains et cherchent des signes pour lire l'avenir. En second lieu, c'est le fait que la « fortune » puisse être aléatoirement bonne ou mauvaise qui pousse les hommes à chercher des signes pour se rassurer des aléas défavorables qui pourraient leur advenir. En somme, « la cause d'où naît la superstition, qui la conserve et l'alimente, est donc la crainte ». Ainsi l'incertitude du jugement humain et la fortune font peur aux hommes. L'origine de la superstition se trouve donc dans cette crainte, mais en un sens, la superstition est la réponse que l'âme inquiète s'apporte à elle‑même pour se guérir de cette crainte.

En quoi la superstition est-elle alors une religion dévoyée ? Pour se rassurer, les superstitieux produisent des « délires de l'imagination ». Ils font « délirer » la nature, selon une expression spinoziste récurrente, pour pouvoir y lire des signes. Au lieu de comprendre rationnellement, comme le philosophe dans l'Éthique, que la nature n'est autre qu'un strict enchaînement divin de causes et d'effets ; le superstitieux se laisse emporter par sa crainte au point d'imaginer, d'interpréter, de « délirer » des présages et des miracles. Par conséquent, le superstitieux délaisse la raison pour l'imagination de divinités passionnées qu'il faudrait implorer pour obtenir leur bonne grâce et ils interprètent alors tout fait comme un signe de bon ou mauvais présage envoyé par ces mêmes dieux. La superstition est une religion dévoyée laquelle est la véritable impiété puisqu'elle conduit à l'anthropomorphisme et à l'idolâtrie de dieux qui ne sont plus que des moyens pour nos désirs. La crainte qui dévoie la vraie religion en une fausse religion (la superstition) devient, pire encore, un instrument d'asservissement aux mains du politique.

Le prophète est un intermédiaire entre Dieu et les hommes, qui a pour charge de transmettre la révélation qu'il a eu immédiatement de Dieu, aux autres hommes. Ces derniers, appelés fidèles, doivent faire confiance, avoir foi en ce prophète sans lequel ils n'auraient aucune révélation. Spinoza prend pour équivalent les termes de prophétie et de révélation et les définit comme « la connaissance certaine, révélée aux hommes par Dieu, d'une chose quelconque ». Pour Spinoza, prophète et philosophie ne sont pas concurrents, mais il faut plutôt comprendre la connaissance rationnelle qui caractérise la philosophie comme une manière pour Dieu de se révéler. En un sens, la philosophie est « prophétique », parce qu'elle aussi est une connaissance certaine révélée par Dieu mais qui se déduit more geometrico de l'essence et de l'existence de Dieu. Les prophètes sont plutôt enclins à user d'imagination, connaissance vague du premier ordre. Or, dans le cas de la philosophie, il n'y a pas besoin d'intermédiaire, car tout homme a en lui la raison et peut par celle‑ci accéder à la connaissance philosophique de Dieu, telle qu'elle est exposée dans l'Éthique.

En un sens restreint seulement, la prophétie peut être distinguée de la philosophie. Elle désigne alors la révélation de Dieu par les prophètes et les textes sacrés. La révélation dite prophétique aura donc son propre mode d'examen. Celle‑ci se transmet soit par des paroles, soit par des figures ou des images, soit par les deux à la fois. Dans l'épistémologie spinoziste, cela correspond au premier genre de connaissance de l'imagination qui opère par ouï-dire et par des signes. Mais comme le précisait Spinoza dans l'Éthique, ce genre de la connaissance est faillible, incertain et propice à l'erreur. Puisque la révélation prophétique en fait partie, elle est du même coup exposée à la faillibilité de l'imagination en général.

Toute la question est dès lors de savoir si une prophétie ou révélation peut être certaine, si même elle peut prétendre à la certitude. Par différence à l'entendement rationnel du philosophe, le prophète a une très vive imagination. C'est pourquoi les livres sacrés qui transmettent les paroles des prophètes sont composés de nombreuses images et paraboles. Celles‑ci ne visent pas à donner une idée vraie de Dieu, dotée d'une certitude mathématique, au sens qu'elle serait entièrement démontrable, mais une certitude seulement morale qui vient donner des règles de vie. Il ne faut pas lire la Bible pour y trouver une connaissance de Dieu, mais un message éthique sur la justice et le bien. La révélation prophétique est certes toujours susceptible de doute, mais on ne peut lui reprocher de ne pas délivrer de connaissance, puisqu'elle n'expose que les contenus moraux ou éthiques de la révélation de Dieu par les prophètes, consignés dans des livres qui n'ont d'ailleurs pas tous été écrits de la même main. Contre la tradition théologienne, l'auteur en vient ainsi à affirmer que l'Écriture est le fruit d'une multitude d'auteurs. Il n'y a ainsi pas à rejeter la certitude morale de la révélation prophétique sous motif qu'elle n'enseigne pas une connaissance philosophique de Dieu. D'une certaine manière, Spinoza met en place la compatibilité de la religion avec la philosophie, à condition de les séparer selon leur objet, leur mission, leur méthode.

Spinoza fait une critique radicale du miracle en établissant son origine superstitieuse. L'homme vulgaire croit au miracle, c'est‑à‑dire à la possibilité de faits surnaturels ou même contre la nature qui prouveraient en même temps l'existence, la providence, la toute-puissance de Dieu. L'erreur consiste à croire que la puissance de Dieu est comparable à celle de la volonté arbitraire d'un roi. Mais c'est ignorer la nature, telle qu'elle est effectivement, à savoir un enchaînement de causes et d'effets parfaitement déterminé selon des lois de la nature. Il n'y a donc pas de miracle qui viendrait abolir ou suspendre, même temporairement, l'ordre de la nature. Ce n'est que par fascination superstitieuse que les hommes en viennent à croire au miracle, car ils ne parviennent pas à connaître rationnellement que Dieu est même la causalité dans la nature, Deus sive natura, et pour se persuader de son existence, il leur faut imaginer l'activité extra-ordinaire d'un être supérieur et séparé de sa création. Encore une fois, Spinoza nous laisse à penser l'ignorance humaine non seulement comme origine de la superstition mais aussi de cette croyance au miracle qui nous éloigne en réalité d'une véritable connaissance de Dieu, tant de son essence que de son existence, que l'étude des lois de la nature peut seule apporter.

D'une part, c'est ignorer la stricte causalité divine à l'œuvre dans la nature et que Dieu ne saurait avoir une volonté distincte de son entendement. Puisque Dieu est la nature, il serait dès lors absurde qu'il y ait des miracles, puisque cela reviendrait au fait que Dieu agirait (parfois) contre lui-même. Le miracle ne prouve donc pas l'existence de Dieu, mais il remettrait plutôt en question son existence : l'idée d'un Dieu qui agirait contre lui-même est contradictoire. Paradoxalement, le miracle fait douter de l'existence de Dieu et mène, pire encore, à l'athéisme. Ainsi, tout ce qui arrive dans la nature advient selon l'ordre éternel des lois de la nature. Un miracle est bel et bien un fait naturel, mais dont la cause est ignorée. L'erreur qui fait croire au miracle est de passer de notre ignorance de la cause à la mise en suspens de la causalité ordinaire de la nature. Or, ce n'est pas parce qu'on ignore la cause de ce fait qu'il n'a pas eu lieu selon une cause et selon l'ordre de la nature. Par conséquent, le miracle cristallise les effets néfastes de la superstition lorsqu'elle dévoie le contenu vrai de la religion.

Spinoza met au point une méthode nouvelle d'interprétation de l'Écriture par elle‑même et elle seule, sola scriptura. Cela a immédiatement une portée critique contre la méthode irrationaliste de Juda Alpakhar qui fait reposer la compréhension du sens du texte sacré sur la grâce divine reçue par quelques-uns ; mais aussi contre la méthode rationaliste qui veut exagérément rendre raison du texte sacré (Maïmonide) ; enfin contre tous les théologiens peu scrupuleux qui l'obscurcissent pour garder leur emprise sur les fidèles.

Une bonne interprétation de l'Écriture se doit d'être méthodique. Interpréter l'Écriture par l'écriture, c'est en faire une étude historique en s'intéressant à ce qui est dit, mais aussi quand et comment cela est dit. Une connaissance, même minimale du contexte d'émission et de réception, permettra ainsi d'établir le sens plausible du texte, donc de l'intention du prophète. Dans cette perspective, de nombreuses difficultés apparentes de compréhension et même de contradictions entre divers passages du texte sacré pourront être levées. La langue devra faire l'objet d'une analyse, en prêtant tout particulièrement attention à toute la polysémie des mots. Spinoza applique cette méthode à l'exemple de « Dieu est un feu, Dieu est jaloux ». En l'occurrence, « feu » ne peut avoir qu'un sens figuré.

Toute la fin de la partie théologique est consacrée au problème de l'authenticité des livres de la Bible et cherche à déterminer une norme de la foi qu'on pourrait retrouver dans toute interprétation. Spinoza indique ainsi que le Pentateuque est une réunion de textes divers, et que Moïse n'en est pas l'auteur. Puis, il se confronte au fait des hérésies, c'est‑à‑dire aux divergences d'interprétation du texte sacré qui ont parfois entraîné des schismes et même des guerres de religion.

Il est nécessaire de découvrir un fondement commun à l'Écriture, quand bien même les interprétations pourraient diverger. Le texte sacré a pour but de faire obéir à la loi divine et aimer son prochain dans la justice et la charité. Ainsi le but indique quel est le fondement. L'Écriture ne condamne d'ailleurs pas l'ignorance, mais l'insoumission. Spinoza en vient à énumérer sept dogmes fondamentaux, dont l'existence, l'unicité, l'ubiquité, l'omniscience, la souveraineté de Dieu, le culte qui lui est dû, le salut des fidèles, le pardon. Ces fondements sont la base de l'obéissance à Dieu, et pour le reste, Spinoza pose la nécessité d'admettre la liberté totale du fidèle, même en matière de religion. En dehors des sept fondamentaux, le fidèle est libre de croire ce qu'il veut.

La théologie ne doit pas nier la liberté de penser. Par conséquent, Spinoza en conclut une séparation radicale entre théologie et philosophie, parce qu'elles n'ont pas les mêmes fins ni moyens. L'une vise la vérité par la raison, l'autre l'obéissance par l'imagination. Or, cette séparation garantit précisément leur compatibilité, l'une n'étant pas au service de l'autre. Enfin le mode de cette compatibilité implique que leurs domaines séparés soient complémentaires : la théologie délivre la certitude morale quand la philosophie s'occupe de la certitude mathématique de la connaissance de Dieu.

Le Traité théologico-politique est une œuvre cruciale qui a posé la question des droits de la liberté et, par là, de la philosophie, face à la théologie et à la politique qui prétendent exercer sur elle leur autorité. Ce traité a non seulement été une œuvre décisive dans la philosophie politique du XVII^e siècle et encore aujourd'hui pour penser la démocratie, mais il l'a été aussi pour poser la question de la liberté en religion et commencer à conceptualiser la tolérance. Ses analyses philologiques du texte sacré ont également contribué à renouveler la théologie elle‑même, dans son interprétation de la Bible.