Enseignement scientifique Terminale - 2024

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Activité 6 - documentaire

Mathématiques et Covid-19

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Introduction

Durant l'épidémie de la Covid-19, la Haute Autorité de Santé, organisme de référence pour les politiques de santé publique, évaluait à 92 % la sensibilité moyenne (probabilité qu'un test soit positif si le patient est malade) des tests PCR (Polymerase Chain Reaction) réalisés. La spécificité annoncée (probabilité que le résultat du test soit négatif chez les patients non malades) de ces mêmes tests est de 96,4 %.

Problématique
Comment évaluer la probabilité d'être malade, notamment dans le cas des tests de dépistage de la Covid-19 ?
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Ce que j'ai déjà vu

  • Épidémies
  • Probabilités conditionnelles
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Documents

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Doc. 1
Thomas Bayes

Thomas Bayes, né au début du XVIIIe siècle et mort en 1761, est un mathématicien britannique qui s'est intéressé au domaine des probabilités. Dans son ouvrage posthume An Essay Towards solving a Problem in the Doctrine of Chances (1763), il a jeté les premières bases de son théorème éponyme.

Placeholder pour Portrait de Thomas BayesPortrait de Thomas Bayes
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Doc. 2
Inférence bayésienne

L'inférence bayésienne est une méthode de calcul permettant d'estimer la probabilité qu'un évènement puisse se produire. Elle se base sur l'observation d'autres évènements connus, notamment lorsqu'ils sont dépendants les uns des autres.

Cette méthode permet de calculer une probabilité en intégrant les informations préexistantes ainsi que des données issues de nouvelles observations.

p_{\mathrm{B}}(\mathrm{A})=\frac{p_{\mathrm{A}}(\mathrm{B}) \cdot p(\mathrm{~A})}{p(\mathrm{~B})} \left\lvert\, \begin{aligned} & \text {A et B : deux évènements } \\ & p(\mathrm{A}) \text { et } p(\mathrm{B}): \text {probabilités que les évènements A et B surviennent} \\ & p_{\mathrm{B}}(\mathrm{A}) \text { : probabilité que l'évènement A se réalise si l'évènement B est réalisé } \\ & p_{\mathrm{A}}(\mathrm{B}) \text { : probabilité que l'évènement B se réalise si l'évènement A est réalisé.} \end{aligned}\right.
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Doc. 3
Exemple d'application de l'inférence bayésienne dans le cas d'un diagnostic médical

L'inférence bayésienne peut être illustrée par les tests de dépistage dans le milieu médical. Un patient réalise un test de dépistage d'une maladie rare qui touche 1 % de la population mondiale. Son test se révèle positif. Le laboratoire qui a mis au point le test assure que celui-ci est positif dans 99,3 % des cas lorsque le patient est malade et négatif dans 96,5 % des cas si le patient n'est pas malade.

Le patient se demande donc légitimement s'il est malade, étant donné ces pourcentages. Si on ne peut pas répondre avec certitude à sa question, on peut néanmoins lui fournir la probabilité qu'il soit malade sachant que son test est positif. Ce problème peut être illustré par un tableau de contingence dans lequel on reporte dans un premier temps les informations que l'on connaît pour une population de 100 000 individus.

  • 1 % de la population est malade, soit 1 000 malades et 99 000 non-malades ;
  • 99,3 % des 1 000 malades ont un test positif, soit 993 personnes (vrais positifs) ;
  • le reste, soit 0,7 % de ces malades, a un test négatif, soit 7 personnes (faux négatifs) ;
  • 96,5 % des 99 000 non-malades ont un test négatif, soit 95 535 personnes ;
  • 3,5 % des non-malades ont donc un test positif, soit 3 465 individus.
➜ Les nombres totaux de tests positifs et négatifs peuvent ainsi être déduits.

Tests positifsTests négatifsTotal
Malades
Non-malades
Total
Tableau de contingence
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Doc. 4
Nombre de tests à la Covid-19 réalisés en France

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Doc. 5
Taux de prévalence du virus

La prévalence d'une maladie est le pourcentage de personnes malades à un instant donné dans une population donnée. Le taux de prévalence est calculé en divisant le nombre de personnes malades par l'effectif de la population exposée.

Le 1er février 2022, le taux de prévalence de la Covid-19 dans la population française était de 3 460 cas sur 100 000 habitants d'après les estimations de Santé publique France.
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Doc. 6
Détection des problèmes de peau et IA

À l'aide d'une base de données d'entraînement construite par des experts, une intelligence artificielle peut apprendre à identifier les mélanomes malins. Plus le nombre de photographies de mélanomes malins et bénins est important, plus l'IA sera capable d'améliorer sa capacité à diagnostiquer les malades en améliorant la proportion de vrais positifs et de vrais négatifs.

Dans le contexte médical, l'utilisation de l'intelligence artificielle offre donc un gain de temps pour traiter correctement les malades et potentiellement assurer une plus grande fiabilité des tests automatisés, avec une IA suffisamment bien entraînée.

Placeholder pour Photographies de mélanomesPhotographies de mélanomes
Exemples dont on connaît le diagnostic (données d'apprentissage) : a. mélanome malin ; b. mélanome bénin

Placeholder pour Photographie de mélanomePhotographie de mélanome
Grain de beauté suspect à diagnostiquer
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Supplément numérique

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Questions

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1. Doc. 2 et Doc. 3 En utilisant , reproduire et compléter le tableau de contingence en fonction des informations fournies. Montrer que la probabilité qu'un patient soit malade si son test est positif est de 22 %.
2. Doc. 4 Évaluer le nombre de tests de dépistage de la Covid-19 réalisés en France le 1er février 2022.
3. Doc. 3 et Doc. 5 Dresser et remplir un tableau de contingence pour la fiabilité des tests effectués le 1er février 2022.
4. En déduire le nombre de tests de dépistage de la Covid-19 erronés (faux positifs et faux négatifs).
5. Doc. 6 Expliquer pourquoi l'utilisation de l'inférence bayésienne est nécessaire si un diagnostic médical doit être réalisé par une intelligence artificielle, notamment dans le cas d'un examen de mélanome.
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Vocabulaire

Mélanome malin : tumeur cancéreuse au niveau de la peau.

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