La question de la fiscalité divise les pays de l'Union européenne, et en premier lieu par les difficultés d'harmonisation. Les États-membres de l'UE ont chacun leur propre système fiscal : les cotisations sociales, les taux de TVA, ou encore l'impôt sur le revenu varient énormément d'un pays à l'autre. Par exemple, l'impôt sur le revenu est le plus élevé au Danemark, qui applique un taux moyen de 36,1 % sur les revenus des particuliers. De plus, le poids des recettes fiscales diffère sensiblement, puisqu'elles représentent plus de 40 % du PIB dans sept États (France, Italie, Autriche, Suède, Finlande, Danemark, Belgique), et sont inférieures à 30 % du PIB en Irlande, en Lituanie, en Roumanie et en Bulgarie.
Dans les autres pays membres de l'UE, les recettes fiscales représentent entre 30 et 40 % du PIB. Concernant la taxation des entreprises, on peut également rappeler la difficulté de l'UE à établir une taxe commune sur les
géants du numérique, ce qui a conduit la France à établir sa propre « taxe GAFA » en juillet 2019. Enfin, cette forte fiscalité favorise les tentatives d'évasion fiscale notamment vers la Suisse, mais aussi vers Singapour, Bahreïn, Panama, les Bahamas ou les îles Caïmans. L'Union européenne
rencontre aussi des difficultés pour faire face au phénomène d'évasion fiscale. Gabriel Zucman, chercheur à l'université de Berkeley, estime que cette dernière
représente pour l'UE une perte d'environ 120 milliards d'euros.
Par ailleurs, l'Union européenne peine à lutter contre les pays pratiquant des fiscalités avantageuses. Après le scandale LuxLeaks en 2014, la Commission européenne a établi une liste des paradis fiscaux ainsi qu'une liste de pays placés sous surveillance, mais aucun État de l'UE n'y figure. L'ONG Oxfam estime pourtant que quatre États européens devraient figurer sur la liste des paradis fiscaux, en l'occurrence le Luxembourg, l'Irlande, Malte et
les Pays‑Bas. Certaines firmes transnationales ont d'ailleurs profité pleinement des faibles taux d'imposition sur les entreprises, comme Nike aux Pays‑Bas, ou Apple en Irlande.