Le cœur de la méthode est d'apprendre aux élèves à décoder, mais aussi de leur donner des outils pour comprendre et éveiller chez eux l'envie de lire. L'étude de chaque graphème est organisée autour d'une histoire filée mettant en scène Méli et ses amis : tous les exercices sont pensés pour amener progressivement les élèves au décodage et à la compréhension du texte de l'histoire filée. À chaque période correspond un thème en lien avec le quotidien des enfants : la ville, la maison, l'école, etc.
Chaque période se termine par une lecture plaisir offerte par l'enseignant. Les contes traditionnels sont l'occasion d'un travail de compréhension sur des textes plus résistants et permettent aux élèves d'acquérir une culture littéraire commune.
Des lectures conseillées sont proposées en prolongement des lectures plaisir.