Dans les organismes vivants, certains cristaux jouent un rôle de protection (nacre de la coquille ou os du squelette). Parfois, cependant, ces cristaux sont la cause de pathologies.

Pour éviter les récidives, les néphrologues (spécialistes du rein et des voies urinaires) recommandent d'augmenter la consommation d'eau (2 L minimum par jour) pour augmenter le volume des urines. Les patients doivent aussi contrôler la consommation d'aliments riches en ion calcium (produits laitiers), en ion oxalate (chocolat) ou en acide urique (charcuterie).

Dans certains cas d'inflammation chronique des articulations, on réalise une infiltration qui consiste à injecter localement des corticoïdes. Ces anti-inflammatoires sont préparés sous forme de cristaux qui ont l'avantage de se dissoudre lentement. Leur effet local peut persister pendant plusieurs mois.

Lors d'un cancer des os, il faut souvent enlever une partie de l'os contenant la tumeur. Des bio-ingénieurs se sont inspirés de la cristallisation naturelle de l'hydroxyapatite des os pour créer un biomatériau composé de polymères naturels d'hydroxyapatite nanocristalline. Ces os artificiels peuvent être imprimés en 3D « sur mesure ». Poreux, ils favorisent la repousse osseuse et peuvent être associés à des principes actifs antitumoraux. Encore en phase de test, ces prothèses cristallines sont un espoir en orthopédie et en chirurgie de la face.