L'industrie pharmaceutique est un fleuron du système productif français représenter toute leur région. Les géants français du secteur ont leur siège en Île‑de‑France comme Sanofi (5^e mondial, à Paris) ou Servier (à La Défense). Les entreprises étrangères ont un siège français à Paris (Novartis, Pfizer, etc.) ou à Lyon (Mylan). Les sites de recherche sont situés dans les grandes métropoles, notamment Paris, Lyon et Nice. Lyon a ainsi un important institut de recherche Sanofi.

L'industrie pharmaceutique emploie 77 000 salariés en France, principalement dans trois bassins principaux : la vallée de la Seine de Paris à Rouen, le nord de la région Centre‑Val‑de‑Loire, de Tours à Orléans, et la région lyonnaise. Des bassins secondaires se trouvent autour de Nice, Lille et Strasbourg. Sept pôles de compétitivité concernent le domaine de la santé : ils sont situés à Paris, Nantes, Lille, Dijon, Strasbourg, Lyon, Saint‑Denis‑de‑la‑Réunion, et le dernier sur trois villes : Montpellier-Marseille-Nice.

L'industrie pharmaceutique est un secteur exportateur net : la France exporte des produits pharmaceutiques à hauteur de 32 milliards de dollars et en importe pour 24 milliards de dollars, dont 20 milliards depuis d'autres pays de l'Union européenne, principalement d'Allemagne, de Suisse, de Belgique et d'Irlande. Ses exportations se dirigent principalement vers les États-Unis, puis vers les voisins européens de la France (Allemagne, Italie, Belgique, Royaume-Uni, Suisse) et secondairement vers la Chine et le Japon.