On la nommait la grande lèpre. Cela arriva lorsque les Espagnols quittèrent Mexico. Et les Espagnols ne s'étaient pas encore dressés contre nous que, tout d'abord, s'est produite une grande maladie, une maladie pustuleuse. […] Ce fut une grande ruine, de très nombreuses personnes sont mortes. Elles ne pouvaient plus se promener, elles se tenaient uniquement sur leur estrade, sur leur lit. […] De nombreux hommes sont alors morts de cela, et de très nombreux morts de faim […], plus personne ne prenait soin les uns des autres, plus personne ne faisait rien les uns pour les autres. Et pour certains les pustules ne se sont disposées sur eux que de loin en loin, elles ne les ont pas fait beaucoup souffrir. Aussi beaucoup n'en sont pas morts. Et de nombreux hommes ont eu le visage ravagé, leur visage en a été éclaboussé. D'autres ont eu les yeux tournés, ils ont perdu la vue. En ce temps-là cette maladie pustuleuse s'était répandue pendant trois vingtaines de jours […] lorsqu'elle diminua. Quand elle fut évidente, quand elle fut éclose, déjà elle était en train de partir vers Chalco […]. À cette époque-là, ils avaient bien maigri, les Mexicains, les vaillants guerriers !

Certaines villes du Nouveau Monde comme Tenochtitlan comptaient alors parmi les villes les plus peuplées du monde. Pourquoi Tenochtitlan resta-telle épargnée par ces germes jusqu'à l'arrivée des Espagnols ? […] Les maladies eurasiennes de masse […] ont évolué à partir de maladies d'animaux grégaires eurasiens domestiqués. Alors qu'il existait de nombreux animaux de ce genre en Eurasie, cinq seulement ont été domestiqués en Amérique […]. Les rares espèces domestiquées disponibles étaient des sources peu probables de maladies de masse, en comparaison des vaches et des cochons. […] [La conquête] n'aurait pu se produire sans […] les germes issus de la longue intimité des Eurasiens avec les animaux domestiques.

Les fièvres étaient contagieuses […] et dans la plupart des cas mortelles. La langue séchait et devenait noire. On voyait une soif intense, une urine vert d'eau […]. On notait des délires et des convulsions. Derrière une oreille ou les deux une grosseur douloureuse apparaissait, accompagnée d'une douleur au coeur, à la poitrine, à l'estomac, des tremblements, des souffrances et de la dysenterie, le sang, obtenu par vivisection, était vert ou très clair […]. Chez certains malades, les lèvres étaient prises par la gangrène, de même que les parties génitales et d'autres parties du corps […]. Les autopsies ont montré que les morts avaient le foie très enflé, le coeur noirci émettait un liquide jaune pâle, et du sang et du pus noir dans les poumons […]. Les jeunes étaient les principales victimes de cette épidémie, et parfois les vieux, qui pourtant […] réussissaient souvent à guérir. La peste commença au mois de juin 1576 et n'était toujours pas finie en janvier quand nous écrivîmes cette description. De la Nouvelle Espagne, elle envahit toutes les régions froides […] et frappait un peu moins durement les régions chaudes […], elle commença dans des zones habitées par des tribus indiennes, puis des zones où vivaient des Indiens et des Africains, puis celles où vivait une population mixte d'Indiens et d'Espagnols, puis les zones occupées par les Africains seuls, et enfin elle attaqua les Espagnols.