De 1562 à 1598, huit guerres de Religion déchirent le royaume de France et voient s'affronter les catholiques, représentés notamment par la grande famille aristocratique des Guise, et les huguenots, partisans de la religion réformée.
Les violences, comme le massacre de la Saint-Barthélemy en 1572, ainsi que les divisions entre les clans de la noblesse affaiblissent l'État royal. Henri III puis
Henri IV sont tous deux assassinés.
Henri IV pacifie le royaume en proclamant l'édit de Nantes en 1598. Il rétablit la souveraineté royale. La question religieuse reste cependant très tendue : en 1685, Louis XIV révoque l'édit de Nantes et expulse les protestants du royaume.